Di masa depan yang jauh, sekitar tahun 5012. Invasi udara yang tiba-tiba datang ke Bumi dibawa oleh Alien dan diciptakan oleh mereka ＞ Mesin Pencipta Kehidupan ＞ dan membawa umat manusia ke ambang kepunahan. Sejumlah manusia yang masih hidup yang berlindung di bulan melakukan serangan balik menggunakan tentara android untuk merebut kembali Bumi.
Namun, perang mencapai jalan buntu karena ＜Machine Lifeforms＞ terus berkembang biak tanpa batas. Pada gilirannya, umat manusia mengerahkan unit baru tentara android sebagai senjata pamungkas: ＜YoRHa. Baru saja dikirim ke Bumi, mereka bergabung dengan analis yang saat ini ditempatkan di sana, di mana di tengah-tengah misi mereka, mereka menghadapi segudang fenomena misterius…
