Cerita anime ini berfokus pada perjalanan salah satu karakter utama bernama Enterprise, seorang wanita yang sangat berbakat dalam bertempur dengan senjata yang disebut “Azur Lane”. Dia mendapat tugas baru dari Ratu Elizabeth, yaitu menjadi instruktur untuk mengajar para siswa di Akademi Royal Navy. Tugas tersebut memberinya kesempatan untuk bertemu dengan berbagai karakter lain dan mengembangkan persahabatan dengan mereka.
Selama bertugas di akademi, Enterprise dan para siswa harus berjuang melawan berbagai ancaman dari musuh, termasuk serangan dari organisasi yang tidak bertanggung jawab. Mereka bekerja sama untuk mengatasi setiap tantangan dan menjaga perdamaian dunia.
